У Яндекс.Диск есть вполне хороший консольный клиент для Linux. Устанавливается он по инструкции из справки. Всё своё добро хранит в домашнем каталоге, может работать в фоне и получать свои настройки из параметров командной строки.
Последний пункт меня как раз и заинтересовал.